Un logiciel comptable pour auto-entrepreneur ne se juge pas à son prix d’appel mais à ce qu’il coûte sur un an pour ce que vous lui demandez vraiment. Trois questions font varier la note : voulez-vous seulement facturer ou déclarer depuis l’outil, facturez-vous la TVA, voulez-vous un compte pro ? Votre chiffre d’affaires, lui, ne change rien : aucun des six éditeurs comparés ne l’utilise pour fixer son tarif de micro-entreprise. Skoqo compare des prix et des conditions relevés sur les pages officielles, pas l’ergonomie.
En franchise de TVA, comptez en TTC
C’est le piège le plus courant. Abby, Indy, Tiime, Pennylane et Dougs affichent des prix hors taxes ; une micro-entreprise en franchise ne récupère pas la TVA et paie donc 20 % de plus. Abby Start à 108 € HT revient à 129,60 € par an, Indy Autonomie à 180 € HT à 216 €. Freebe fait l’inverse et affiche directement 150 € TTC par an : c’est le prix réel.
Coût réel de la 1re année pour un auto-entrepreneur
en € par an
- Franchise de TVA, déclaration Urssaf dans l'outil (TTC)
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Abby Start 129,60 € les années suivantes
116,64 €
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Freebe micro-entreprise toutes fonctions, sans formule gratuite
150 €
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Indy Autonomie avec TVA, CFE et compte pro
216 €
- Vous facturez la TVA : Urssaf et TVA (HT)
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Abby Pro 180 € les années suivantes
162 €
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Indy Autonomie CFE et compte pro compris
180 €
- Franchise, compte pro intégré sans déclarations (TTC)
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Pennylane Starter 7 € HT par mois
100,80 €
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Tiime Initial à l'année après 2 mois d'essai
143,86 €
Rapporté au chiffre d’affaires, l’écart reste modeste : pour 30 000 € encaissés dans l’année, Abby Start pèse 0,4 % du CA la 1re année, Freebe 0,5 % et Indy Autonomie 0,7 %. La question n’est donc pas seulement le prix, mais ce que chaque formule fait à votre place.
Ce que la loi demande vraiment
Aucun texte n’impose un logiciel comptable à une micro-entreprise. Service Public Entreprendre demande un livre des recettes, plus un registre des achats si vous vendez des marchandises, à conserver 10 ans ; un cahier ou un modèle officiel suffit. Deux obligations récentes poussent pourtant vers un outil : recevoir vos factures électroniques par une plateforme agréée depuis le 1er septembre 2026, puis les émettre au 1er septembre 2027. Les formules gratuites d’Abby, d’Indy, de Tiime, de Pennylane et de Dougs le font ; elles sont détaillées dans notre comparatif facturation électronique gratuite. Au-delà de 10 000 € de chiffre d’affaires deux années de suite, un compte bancaire dédié devient obligatoire : Indy l’inclut dès 0 € ; notre comparatif compte pro gratuit donne les autres options.
Le bon outil selon votre cas
À votre place, on commencerait gratuitement et on ne passerait au payant que pour un gain précis : la déclaration Urssaf faite par l’outil, la TVA ou un compte pro. Les avantages de bienvenue se choisissent à l’inscription et ne se cumulent pas : AUTUMNSALES chez Abby, le premier mois d’Autonomie offert par lien partenaire chez Indy, 2 mois d’essai chez Tiime et chez Freebe avec un parrain. Si vous êtes déjà au réel ou en société avec un expert-comptable, le choix se joue sur d’autres formules : notre duel Indy, Abby, Tiime ou Pennylane les compare. Pour Pennylane et Dougs, la formule gratuite suffit tant que vous restez en micro. Vous louez aussi en meublé ou détenez une SCI ? Notre comparatif logiciel comptable LMNP et SCI range Declarimo, JD2M, Indy, Dougs et Keobiz par prix payé.